オレゴン州発、異星人に生体実験された人間たち！森林で若い女性の死体が発見された。外傷はなく暴行を受けた形跡もない。唯一の手掛かりは、腰部に残された２つの赤い斑点。同じような事件は過去に3件も起きており、被害者はいずれも同じ高校の同級生。埋葬後の遺体は極度に変形し、鼻の奥に小さな金属片が埋め込まれていた。生存している3名の同級生を調査。皆、腰部に解明不可能な赤い斑点が２つ付いている。
アイダホ州発、米軍は密かにUFOを作っていた！エレンズ空軍基地でテスト・パイロットの行方不明事件が続出。基地周辺はUFO目撃のメッカであり、1947年ロズウェルに墜落したとされるUFOの技術を使って最新型戦闘機が製造されているという。厳重な警戒態勢が敷かれた基地内に捜査官が潜入、深夜飛び交う光る飛行物体を目撃した。しかし、軍はFBIへの協力を拒否している。
メリーランド州発、推定100歳の食人鬼が出没！密室での連続殺人事件が発生。犯行現場はどれも内側から鍵がかかっており、被害者は素手で肝臓をもぎ取られている。これは過去のX-ファイルの関連事件と考えられる。1903年以降、30年毎に5人ずつの被害者を出している未解決事件。現場には異様に細長い指紋が残されていた。それは60年前に検出されたものと見事一致、推定年齢100歳以上の同一犯であることが判明した。
アイオワ州発、エイリアンの情報を受信する少年！湖畔で少女が謎の失踪をとげた。突然、白い光に包まれ激しい震動とともに彼女の姿が消えたという。その時、母親はキャンピング・カーの中におり、外に出ようとしてドアの取手で火傷を負っている。少女の傍らで一部始終を目撃した幼い弟は、事件の後TV画面の砂嵐から奇妙な信号を読み取っていた。その記号は、最高機密である国家防衛用の人工衛星からのものであると判明。
ニュージャージー州発、私は伝説の獣人を目撃した！アトランティック・シティでホームレスの男が体を噛み切られ死亡した。歯型から推測すると、人間による犯行と思われる。1947年にも観光客が何者かに食い殺されるという事件がこの地で起きているが、地元警察は協力を拒否。付近の森林警備隊から情報を入手、彼は森の中で獣のような人間を目撃したと証言。この州には伝説の獣人、ジャージー・デビルがいるという。
ペンシルバニア州発、サイコキネシスによる殺人事件！フィラデルフィア、街の路地で男性2人の死体が発見された。検死の結果、首の骨が体の内部からの力で押し潰されていた。サイコキネシス（心霊念力）による犯行とも考えられる。現場近くのキャッシュ・マシーンの監視カメラには、被害者が女性のカバンをひったくる映像が記録されている。そして、その女性の側には数週間前に自殺した男の影が写っていた。
ヴァージニア州発、意思を持ったコンピュータの反乱！大手コンピュータ開発会社の高層オフィス・ビルで、会社役員幹部が感電死。このビルは最新鋭の管理システムを備えており、警備はもちろん、室温調節からトイレの水量まで、全てがメインコンピュータによってコントロールされていた。被害者は洗面所に閉じ込められ、鍵で扉を開けようとして感電、体を飛ばされていた。高圧電流が鍵穴に集まることはプログラム上考えられない。
アラスカ州発、人体に潜り込む謎の寄生虫！北極圏、雪と氷に閉ざされた研究所で地質学者チーム全員が謎の死を遂げた。彼らが調査していたものとは、氷に閉じ込められた人類創世以前の地層であり、サンプル採掘に成功した矢先の出来事であった。現場には惨殺死体が散乱。ペットの犬だけが生き残っていた。その犬の体内から一匹の寄生虫を摘出。同じものが学者の死体からも発見された。
テキサス州発、地球外生命体と接触した宇宙飛行士！NASA管制センター、スペース・シャトルの打ち上げが発射3秒前に中止された。原因はバルブの損傷、危うく大惨事を免れる。特殊な耐圧耐熱設計のバルブを破壊するには、シャトル打ち上げ相当のエネルギーを必要とする。従って、人為的なものとは考えられない。さらに、1986年に打ち上げに失敗したチャレンジャー号にも同じような損傷の痕跡が発見された。
ウィスコンシン州発、軍隊は墜落したUFOを回収した！深夜、山中に巨大なオレンジ色の火の玉が出現。駆けつけた森林警備隊員が何者かに襲われ死亡した。同時刻、空軍の宇宙監視センターのレーダーが未確認飛行物体をとらえた。しかし、軍はこの事実を否定、毒物を積んだタンカーが横転したとして山を厳重に包囲、特殊部隊を送り込んだ。数時間後、兵士数名が無色透明の生物に襲われ負った重度の火傷は、被爆患者特有のものであった。
コネチカット州発、すでに行われている超人類育成計画！コネチカットで体の血液を75%も抜かれた変死体が発見された。首にも刺し傷があるものの、現場から血液は一滴も発見されていない。事件の第一発見者は8歳の少女、被害者の娘である。死亡推定時刻と同時刻に3,000マイルも離れたカリフォルニア州で類似事件が発生している。第一発見者は、またしても8歳の少女で被害者の一人娘。しかも、2人の少女は双子のように瓜二つであった。
マサチューセッツ州発、突然、自らを焼き殺す人体発火現象！朝、仕事に出掛けようとした男が、妻の目前で突然火だるまになって焼死するという事件がイギリスで起きた。現場周辺に火の気は一切なかった。被害者の体は骨も残らない程の高熱で一瞬にして燃え上がっている。数週間後、米国のボストンにあるバーで、火の手品を見せた男が突如火だるまに。コンクリートがスポンジ状になる程の高熱、男の死骸は何一つ発見されていない。
ノースカロライナ州発、死刑囚がチャンネリングした犯人像！若いカップルがデート中に誘拐される。一年前の同じ時期に起きた殺人事件と手口が酷似していることから、人質が5日以内に殺される可能性は高い。手掛かりが掴めぬまま数日が過ぎ、一人の死刑囚が捜査の協力を申し出た。自分の身内全員を惨殺し、あと7日でガス室に送られる予定の男である。彼は死刑中止と引き換えに、犯人と人質の居所の“霊視”を約束した。
マサチューセッツ州発、男を快楽死させる正体不明の女！ホテルの一室で男の変死体が発見された。監視カメラは彼が娼婦らしき小柄な女と部屋に入って行くのを捕らえている。しかし、出てきたのは大柄な男だけ。女がホテルを出た形跡はない。同じような事件は過去半年間に4件確認されている。いずれも死因は動脈破裂。体内から検出された異常な濃度のフェロモンは、人間のDNAを含んでいることが判明した。
メリーランド州発、臨死体験をした捜査官に凶悪犯の魂が乗り移る！銀行で捜査官と連続強盗犯が撃ち合い、病院に担ぎ込まれた。2人の心臓が停止してから13分後、捜査官のみが奇跡的に蘇生した。数日後、遺体安置所にあった犯人の死体から左手の指3本が切り取られる事件が発生。切断に使用された器具からはなぜか捜査官の指紋が検出された。彼は姿を消し行方不明となっている。蘇生時の彼の心電図には２つの鼓動が記録されていた。
メリーランド州発、遺伝子操作による人体実験で若返った囚人！宝石店で強盗殺人事件が発生。女性店員が射殺されメッセージの書かれた紙が現場に残されていた。目撃者の証言、メッセージの筆跡、そして犯行の手口から犯人を断定。しかし、その男は5年前、服役中の刑務所で死んでいる。当時、死亡診断書を発行した担当医は医師免許を剥奪された医学博士。早老症を防ぐ研究過程で若返りの治療法を発見し、人体実験を行っていた模様。
テネシー州発、米軍が地球外生命体を捕獲！深夜、大型貨物トラックの運転手が路上でライフルを乱射し、署に拘留された。男は“UFOと接近遭遇をした”と証言、十分な取り調べも受けずにすぐ釈放された。トラックはテネシーから西へ移動、その経路でUFO目撃の報告が続出している。途中の検量所からの情報でトラックの積載量が提出書類の重量をオーバーしていることが判明。不審物を隠密輸送している可能性が高い。数日前、イラク上空で戦闘機が未確認飛行物体を撃墜、その残骸を米軍が回収していた事実が確認された。
テネシー州発、病を治す“神の手”カリスマ教祖の心霊治療！熱狂的な信者が集う“奇跡の伝道所”で心霊治療を受けた女性が20分後に死亡。彼女はガンに冒されてはいたものの、急死するような病状ではなかった。『神への冒涜』と遺族が検死を拒否したため死因は不明。治療を施した青年は殺人容疑で逮捕されたが、証拠不十分で釈放された。3人目の犠牲者を検死したところ、シアン化ナトリウム、あるいは青酸カリによる中毒死と判明。
モンタナ州発、FBIの設立者のX−ファイル！牧場でインディアンの青年が撃ち殺された。発砲した牧場主は獣と見違えたと供述。彼の息子の体には襲われた時のものと思われる獣のツメ跡が生々しく残っている。被害者は至近距離から撃たれており、現場からは蛇の抜け殻のような物質が発見された。この地では1946年以降、同様の怪事件が多発している。本件はFBIの設立者フーバーが作成したX-ファイル第一号の関連事件であると推測される。
ワシントン州発、人間を繭に取り込み、体液を吸い尽くす謎の昆虫！森林伐採に従事していた労働者30名が突然消息を絶った。現地に赴いた捜査官は森の中で大きな繭を発見、中には体液を喪失し、ミイラ状になった男性の死体が包まっていた。近くには労働者によって切り倒された樹齢500年の大木。その切り株の断面に浮き出た緑色の年輪部分からはダニのような昆虫が無数に発見された。明るい所では活動しない夜行性の虫であるらしい。
メリーランド州発、第2話の食人鬼が狙う5つ目の肝臓！ボルティモアの療養所に拘留されていたユジーン・トゥームズが証拠不十分で釈放された。第2話の事件の容疑者、30年毎に5つの肝臓を求めて殺人を繰り返すという男である。数日後、ある工場の地下から30年前に殺害されたと思われる男性の死体が発見された。その肝臓付近の骨に残されている傷がトゥームズの歯型と一致した。行方をくらませたトゥームズの捜索を開始する。
ニューヨーク州発、前世の記憶を持つ少女がサイコキネシスで報復殺人！刑事が署内の取り調べ室の窓を突き破って建物の外へ落下、即死した。取り調べを受けていたのは8才の少女ただ一人。しかし、彼女はそこにもう一人男がいたと証言。少女は幼い頃から統合失調症の治療を受けていた。彼女に人形を与えると、必ず右腕をもぎ取り、左目をえぐるのである。その人形の様子は9年前に惨殺された刑事の死体の状況と酷似していた。
ワシントン州発、一卵性双生児の驚異のテレパシー！新型ジェット・エンジンの極秘研究に携わっていた博士2名の変死体が発見された。1人はエンジンに吸い込まれ全身が粉々に砕け、もう1人は頭部を液体窒素に浸された後、床に叩きつけられガラスの破片のように散乱している。いずれも実験中の事故とは到底考えられない。現場にあったコンピュータを調べた結果、パスワードを破ってある博士のデータに侵入した者がいると判明。
メリーランド州発、極秘に培養されていた地球外バクテリア！警官に撃たれた男が海に飛び込み行方不明となった。現場には傷口から流れ出たと思われる緑の液体が残されていた。男が乗り捨てた車の所有者は遺伝子実験の研究を極秘に進めていた医学博士。しかし、彼は間もなく飛び降り自殺を遂げている。博士の実験室から発見された細菌のDNAを分析したところ、地球上には決して存在し得ないものであることが判明した。
